Biologinės įvairovės apsauga visų pirma pagrįsta surinkta aktualia ir savalaike informacija bei duomenimis apie teritorijoje randamus ir saugomus organizmus. Šiai informacijai surinkti vykdomi gyvosios gamtos monitoringai – atliekama saugomų gyvūnų, augalų, buveinių stebėsena, fiksuojami gausumo, pasiskirtymo teritorijose ir kiti pokyčiai. Ši stebėsena vykdoma Kuršių nerijos nacionalinio parko ir direkcijai priskirtose valstybinių draustinių bei biosferos poligonų teritorijose.
Surinkta informacija apie saugomų rūšių ir buveinių būklę yra pagrindas, kuriuo remiantis vykdomos gamtotvarkos priemonės. Šiomis priemonėmis dažniausiai siekiame ne tik išsaugoti ir/ar atkurti atskiriems saugomų rūšių individams palankią aplinką bei gyvenimo sąlygas, bet tuo pačiu užtikriname teritorijai įprastų, vietinių organizmų rūšių egzistavimą. Taigi, saugomos rūšys dažniausiai laikomos „skėtinėmis rūšimis”, nes jų apsauga sudaro prielaidas su jomis susijusių organizmų rūšių išlikimui.
Iš pilkųjų kopų šalinami sumedėję augalai (viršuje); konstruojamos žabtvorės pustomo smėlio sulaikymui, o ant sulaikyto smėlio dažnai įsikuria retos augalų rūšys (apačioje)
Druskamėgių augalų buveinėms išsaugoti šienaujamos nendrės (viršuje); ekstensyviai nuganytose nerijos pievose išlaikomas atviras kraštovaizdis, išsaugomi žoliniai augalai, užkertamas kelias plisti krūmynams ir invaziniams augalams (apačioje)
Kuršių nerijos praeitis liudija, jog slenkančių kopų stabdymui atvežti augalai šiuo metu yra laikomi invaziniais. Taigi, šio amžiaus „gamtos ir žmogaus kova” nebevyksta su judančiomis smėlio kopomis, o su sparčiai plintančiomis invazinėmis rūšimis. Kol kas didžiausią grėsmę saugomoms ir retoms rūšims bei natūralioms buveinėms kelia invazinės augalų rūšys, kurios dažniausiai naujoje aplinkoje neturi limituojančių faktorių arba jie yra per silpni, jog užkirstų kelią šiems augalams plisti. Kuršių nerijoje augantys invaziniai augalai pasižymi ištvermingumu sausroms, turi didžiulius šaknynus ir sudaro tankius sąžalynus. Dėl šių priežasčių natūraliai augančios vietinės augalų rūšys pralaimi kovą prieš atėjūnus. Vietiniai augalai yra pagrindas visoms kitoms organizmų rūšims gyventi nerijoje, todėl jų netektis reikštų ekosistemos griūtį. Todėl įvairiomis priemonėmis stengiamės sustabdyti invazinių rūšių plitimą į naturalias buveines, saugomų rūšių augavietes ir radavietes.
Raunamas atvirose buveinėse sparčiai plintantis šluotinis sausakrūmis.